Projekt konkursowy przewidywał stworzenie obiektu muzealnego o współczesnym, indywidualnym charakterze z ukształtowaniem budynku muzeum w formie monumentalnej, zwartej bryły, przypomniajacej współczesny lotniskowiec. Bryła budynku miała równoważć przestrzenną dominantę inżnierskiej konstrukcji wiaduktu. Proponowana horyzontalna kompozycja obiektu wpisywać się miała w linię wody i nabrzeża, a przestrzenie wystawiennicze bez dostępu światłą dziennego umożliwiać miały realizację współczesnych audiowizualnych form ekspozycji. Kształt projektowanego budynku był zgodny z urbanistycznymi parametrami określonymi w planie zagospodarowania ptrzestrzennego.

Układ funkcjonalny budynku oparto na prostym schemacie, strukturę funkcjonalno-przestrzenną stanowić miały 3 poziomy użtkowe połączone ze sobą komunikacją pionową. Budynek projektowano jako niepodpiwniczony

Program ekspozycyjny przenikał się z funkcją komunikacji i magazynów otwartych. Zaplecza techniczne i magazynowe na poszczególnych poziomach zaprojektowano wokół wind towarowych, które zapewniały transport pionowy sprzętu. Geometria rzutu działki oraz analiza odległości zdefiniowała ostateczny gabaryt bryły.

Górny poziom obiektu został rozwiązany w formie publicznego tarasu widokowego, dostępnego z klatki schodowej wewnętrznej i zewnętrznej “ zlokalizowanej pomiędzy dźwigami portowymi. Od strony Bulwarów Chrobrego przewidziano możliwość zastosowania szkła klejonego z wewnętrzną powłoką z diodami LED, umożliwiającego medialną projekcję, komunikację wizualną i ekspozycję zbiorów wewnętrznych.